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El río Garona nace a 1.870 metros de altitud al noroeste del Pirineo catalán, en la comarca del Valle de Arán, y desemboca en el océano Atlántico, en el estuario de La Gironda (Francia). Recorre 647 Km y su cuenca hidrográfica es de 55.000 km², de los cuales el 1 % (578 km²) están en territorio español. Se estima que si no existiesen consumos de agua en la parte alta del Garona, el recurso hídrico medio en la cuenca en la frontera francesa sería del orden de 607,32 hm³/año (19,26 m³/s).

El régimen hidrológico natural de la cuenca responde a un comportamiento de tipo nivopluvial con su periodo de aguas altas entre abril y julio y el de bajas entre diciembre y marzo, coincidiendo con la época más fría. El régimen mensual medio del río presenta un comportamiento similar en todos los tramos de su recorrido. Los mayores caudales se presentan entre abril y julio, registrando los máximos a finales de la primavera con 110 hm³/mes. En los meses de verano se observan aportaciones moderadas que se mantienen constantes gracias al deshielo. El periodo de aguas bajas se presenta entre los meses de diciembre y marzo, descendiendo hasta los 21 hm³/mes en febrero, periodo que coincide con la fase de acumulación de las precipitaciones en forma de nieve.

La mayor aportación de agua se produce en el tramo medio de la cuenca, desde la desembocadura del río Valarties hasta Bossòst, con las aportaciones de los ríos Nere, Varradòs y Joeu.

El caudal medio registrado en la estación de Artíes entre 1950 y 1991 es de 2,89 m³/s, que supone una aportación media anual de 88,90 hm³/año. El caudal medio en Bossòst, aguas abajo de río Joeu, medido desde 1964 hasta 1981, es de 19,33 m³/s, lo que equivale a una aportación de 594,36 hm³/año.

 

Cada primavera se producen incrementos de caudal de los ríos del Valle de Arán como consecuencia del deshielo, pero un episodio de intensas lluvias combinado con una gran cantidad de nieve acumulada en las montañas produjo el 18 de junio de 2013 unas fuertes riadas. La vida en el valle quedó paralizada por el desbordamiento del río Garona y algunos de sus afluentes, causando daños importantes en infraestructuras. Muchas de estas infraestructuras se construyeron en el mismo cauce del río Garona durante las últimas décadas y este hecho agravó los efectos de los caudales extremos. El canal fluvial encajado no pudo retener el agua y en muchos puntos el Garona se desbordó inundando algunas zonas. En otras zonas, la fuerza de la corriente del agua incrementada por las canalizaciones del río y las escolleras provocaron la rotura de puentes y diques, excavación de los prados ribereños, etc.

Aunque la actividad humana en los ríos incrementa la intensidad de las riadas, se trata de fenómenos naturales que se producen cada cierto número de años. Por lo tanto, si bien las comunidades biológicas pueden resultar afectadas, estas comunidades tienen mecanismos adaptativos para superar este tipo de perturbaciones.