Las dos especies de peces autóctonas de la cuenca del río Garona son la trucha común (Salmo trutta) y el cavilat (Cottus hispaniolensis). También está presente una especie introducida, el piscardo (Phoxinus sp.), principalmente en los lagos de alta montaña y en algunos embalses como el de Aiguamòg. El cavilat está incluido en el Anexo I (Especies en peligro de extinción) del Real Decreto 439/1990, de 30 de marzo de 1990, por el cual se regula el Catálogo nacional de especies amenazadas.
La especie dominante es la trucha, ampliamente distribuida por toda la red hidrográfica de la cuenca, desde el tramo final del río antes de cruzar la frontera francesa hasta los lagos de alta montaña, incluidos todos los tributarios. El cavilat está presente principalmente en el eje principal del Garona, y en los afluentes cerca de su confluencia con el río principal. Ambas especies tienen estrictos requerimientos ambientales, y sólo se encuentran en zonas de buena calidad del agua y del hábitat.
La abundancia de trucha depende de varios factores como la profundidad media, la velocidad del agua y la presencia de refugios. Las preferencias de hábitat del cavilat no están estudiadas, pero probablemente sean parecidas a las de especies próximas como el Cottus gobio. Esta especie selecciona los espacios intersticiales entre piedras en las zonas someras de rápidos y tablas. Los juveniles parecen tener preferencia por los restos vegetales (hojarasca, ramas y troncos).
La trucha común pertenece a la familia de los salmónidos y es la especie más ampliamente distribuida en los ríos del Valle de Aran. Tiene una una boca terminal con una gran mandíbula que se extiende hasta el margen posterior de los ojos. La coloración es variable, generalmente la parte superior del cuerpo es de un color verde oliva con la parte ventral de color blanquecino o amarillo. A los lados tienen muchas manchas de color negro y rojo, rodeadas a veces de un círculo de color claro. Las truchas juveniles tienen menos puntos que los adultos, pero presentan unos grandes óvalos oscuros distribuidos longitudinalmente por el cuerpo. Estas marcas desaparecen a medida que envejecen. Los machos tienen la cabeza más grande que las hembras, mientras que las hembras presentan un abdomen más grande.
El hábitat preferido de la trucha son los ríos de montaña, aunque también se puede encontrar en los lagos. Los alevines se encuentran normalmente en las aguas poco profundas, mientras que los adultos buscan zonas del río con mayor profundidad. Los sustratos preferidos son fondos rocosos que proporcionan cobertura.
El cavilat es un pez pequeño que pertenece a la familia de los cótidos. Tiene una cabeza ancha con los ojos situados en la parte superior. Destacan sus grandes aletas pectorales redondeadas. La coloración presenta manchas irregulares, de color marrón oscuro al dorso y los lados, con el vientre blanquecino. Las aletas pélvicas presentan unas rayas transversales que diferencian esta especie de otras especies del género Cottus.
Se reproduce en primavera en fondos pedregosos. Los huevos son depositados por varias hembras en un nido preparado por el macho bajo una piedra. El macho protege los huevos hasta que se produce la eclosión al cabo de unas 4 semanas. Se alimenta de larvas de insectos y otros invertebrados bentónicos.
El cavilat es endémico de la cuenca del Garona y se distribuye en unas pocas localidades de esta cuenca tanto en el Valle de Aran como en la vertiente francesa.